新冠疫情发生后，云南省充分发挥中医药在疾病预防中的主导作用、在重大和疑难疾病中的协同作用、在疾病康复中的核心作用，强化中西医协同协作，始终做到提早介入、全程参与、广范围覆盖。
云南省卫生健康委、省中医药管理局积极结合当地疫情防控实际，搭建了省、州及县市三级中医专家组，完善预防用药保障、转运、配送等体系，畅通中医药信息统计、报送与宣传渠道；落实中西医协同诊疗工作机制，制定优化中医治疗方案，做到新冠病毒感染确诊患者规范化、同质化诊治，逐步形成“有机制、有团队、有举措、有成效”的工作机制。
截至2023年2月，云南省新冠病毒感染确诊患者中医药参与治疗率接近100%，各州、市共为边境一线工作人员及广大群众发放中药约1400万袋，设置大锅药发放点约1000个，发放免费大锅药约320万份。曲靖、普洱、迪庆、怒江、临沧、楚雄等州市对65岁及以上及其他重点人群发放“健康防疫包”，将中成药纳入发放物品，共计约45万份。
全省二级以上公立中医医院均成立发热门诊，做到“应设尽设、应开尽开”。依托云南省中医应急医疗队和疫病防治及紧急医学救援基地，组建3支省级、16支州市级新冠病毒感染救治中医巡回医疗组，各州、市依托综合服务能力较强的县级中医医院组建33支县级中医巡回医疗组。同时鼓励各州市根据实际情况下沉乡镇、社区等基层医疗卫生机构指导开展新冠病毒感染中医药救治工作，实现对全省1520个乡镇卫生院、社区卫生服务中心巡回指导全覆盖。
云南省中医医院及曲靖、普洱、保山、楚雄等各地中医医院不断深化“互联网+中医药防治”便民服务应用，推出在线预约问诊、在线开方、药品配送等服务；及时开通互联网快速问诊服务，让外出返乡等群众快速得到医院专家的服务指导。积极发挥中医“身心同治”特色优势，德宏州、怒江州组建了中医医院心理咨询、危机干预工作组，为边境一线工作人员及医务人员、新冠病毒感染患者提供服务。